Контроль за сплатою річної плати або щоквартальної частини річної плати за ліцензію здійснюється органом ліцензування (ч. 7 ст. 72 Закону №3817). Для здійснення контролю ліцензіат подає до відповідного органу ліцензування заяву про внесення чергового платежу за ліцензію у паперовій або електронній формі у порядку, встановленому ст. 42 ПКУ, в якій зазначає код класифікації доходів бюджету, суму внесеного платежу, номер і дату платіжної інструкції, що підтверджує внесення річної плати або щоквартальної частини річної плати за відповідну ліцензію.
Платник податків має право самостійно обрати спосіб взаємодії з контролюючим органом в електронній формі через Електронний кабінет, якщо інше не встановлено ПКУ (пп. 17.1.13 ПКУ).
Заява про внесення чергового платежу за ліцензію подається суб’єктом господарювання шляхом надсилання її до контролюючого органу нарочно, поштою або в електронному вигляді, в тому числі через Електронний кабінет.
Проставлення відмітки про внесення сплати на оригіналі ліцензії Законом №481 чи Законом №3817 не передбачено.